管理委员会下设办公室，负责处理工程研究中心的日常工作。它的职责是：负责工程研究中心日常行政事务工作；负责工程研究中心科研管理日常工作；负责工程研究中心资产及仪器设备管理工作；负责工程研究中心对外技术服务的组织、协调工作；承办工程研究中心领导交办的其他工作。办公室下设4个科：秘书科、科研科、技术服务科、成果转化科。

（1）秘书科

秘书科主要职责包括：学术工作部分：重大活动、日常学术交流活动组织、协调；资料收集、整理、汇编，完成各类工作汇报、调查、统计任务。行政工作部分：研究生管理；信息宣传；对外交流与接待；行政会议组织、落实；制度建设；日常事务工作；工程研究中心网站日常维护工作；科研部、技术服务部、各研究室及工程研究中心领导交办的其他工作以及与各部门协调工作。

（2）科研科

科研科是管理工程研究中心科学研究工作并负责协调技术开发平台工作的职能部门。它的主要职责是：负责草拟各分中心发展目标与总体布局；负责组织和实施各分中心建设和管理；负责组织和协调各分中心科研协作；负责工程研究中心科研项目的组织申报和管理；负责开放基金的立项形式审查；组织协调项目的网评、会评和终审；协调项目成果的鉴定验收工作；负责为项目成果鉴定会或验收会议提供服务；负责指导工程研究中心科研仪器设备改善和管理；负责科研成果和科研信息管理；承办工程研究中心领导交办的其他工作。

（3）技术服务科

技术服务科是管理工程研究中心对外技术服务并协调各实验室和基地的职能部门。它的主要职责是：负责对外技术服务的年度计划编制工作；负责技术服务的生产经营和管理；负责草拟试验平台、测试中心和科研基地发展目标和总体布局；负责组织完成试验平台、测试中心和科研基地的建设任务；负责组织实施国家、省级重点项目的实验工作；负责工程研究中心试验的资质建设和管理；承办工程研究中心领导交办的其他工作。

（4）成果转化科

成果转化科主要负责拟订工程中心科技合作与交流及创新能力开放合作的规划、国内外科技合作与交流等工作；负责中心科技成果转化项目的推荐、申报和实施管理工作；负责中心科技成果转化、统计分析工作。负责组织中心和企业对接，推动产学研深度融合。负责中心科技成果在线登记审核，负责科学技术奖励工作。负责产业技术创新战略联盟建设管理工作。负责院士工作站的申报、管理及科技人才工作。